Крепость в Копорье была заложена в 1237 году. Впервые упоминается в новгородских летописях в 1240 году, когда немецкие рыцари Ливонского Ордена построили в Копорском погосте деревянную крепость.
В 1241 году Александр Невский отбил крепость у немецких рыцарей и разрушил её. При штурме погиб знаменитый богатырь Гаврила Алексич. Софийская первая летопись:
Въ то же л?то по възвращению, поб?д? великаго Александра Ярославича, тое же зим? пакы приидоша от Западныя страны Н?мци и Чюдь на Водь. И повоеваша все, и дань на них възложиша, и срубиша городъ въ Копории въ отечеств? великаго князя Александра Ярославича. <…> Того же л?та поиде князь Олександръ на Н?мцы, на городъ Копорье, съ Новгородци и взя городъ, а Н?мцы приведе въ Новгородъ.
В 1280 году великий князь Дмитрий Александрович поставил в Копорье каменный город, который через два года разрушили новгородцы в результате конфликта с князем. Вновь крепость была выстроена в 1297 году, а в конце XV — начале XVI века была перестроена.
После захвата шведами в 1581 году Копорье вернулось к России лишь по договору 1590 года.
Однако по Столбовскому миру 1617 года Копорье вновь досталось Швеции. В 1656—1657 годах русское войско безуспешно пыталось вернуть Копорье, которое было возвращено России только при Петре I, в 1703 году.
В 1708 году Пётр I передал крепость князю Меншикову, а в 1727 году после его опалы Копорье перешло в казну. В 1763 году Копорская крепость исключена из списка оборонительных сооружений.
В 1919 году в ходе Гражданской войны бойцы Красной Армии, используя крепость, успешно отразили атаку белогвардейского десанта, высадившегося в тылу красноармейцев;
В 1941 году, 1 сентября Копорье было оставлено Советскими войсками;
В январе 1944 года Копорье было освобождено Советскими войсками;
В 2001 году крепость получила статус музея.
